Mais conhecida como Farmácia de Manipulação, a Farmácia Magistral é o estabelecimento farmacêutico responsável pela manipulação de medicamentos de forma individualizada mediante fórmulas prescritas, o que garante o atendimento  de acordo com as necessidades e as demandas de doses específicas de cada paciente.

O  CFF regulamenta as atribuições e competências do farmacêutico na farmácia magistral através da Resolução no 467 de 28 de novembro de 2007.

Compete ao farmacêutico na farmácia com manipulação magistral:

1. Ser responsável por todo o processo de manipulação magistral e pela garantia da qualidade de seus produtos.
2. Exercer sua profissão de forma articulada ao contexto social, com total autonomia técnico-científica, respeitando os princípios éticos que norteiam a profissão.
3. Decidir pela manipulação, dispensação e comercialização de medicamentos de uso contínuo e de outros produtos farmacêuticos magistrais, dentre outras

É responsabilidade do farmacêutico que atua na área magistral garantir a segurança de manipulação dos produtos quanto à análise, acompanhamento, verificação e registro de todos seus processos até a dispensação ao paciente.